在電磁波作用下，水中的成垢物質可以加速成核，但成垢顆粒的繼續長大會受到抑制。當水溶液受磁場作用時，水溶液中的帶電離子（如Ca2+和CO32-）被約束在磁力線周圍，使得這兩種離子相互撞擊的幾率增大并加速了CaCO3的成核過程，而在這種快速成核情況下生成的碳酸鈣晶體是不穩定的，多呈現文石或球霰石結構。
同時電磁波的作用使水分子的偶極矩和極性增大，限制了極性水分子的運動，將快速生成的CaCO3微小晶粒束縛在溶液中，從而抑制了CaCO3晶粒的繼續長大，導致水中微小的CaCO3晶粒增多，但穩定性減弱，使其不易附著于管壁而達到阻垢的目的。
2、氫鍵斷裂機理
在自然條件下，水分子通過分子間的氫鍵締合為分子團簇。在電磁波作用下，這些水分子團和水中的成垢顆粒發生持續性的振動。當水分子的振動頻率等于或正比于電磁波的振動頻率時，便產生了共振，使得水分子氫鍵發生扭曲和彎曲，甚至斷裂。從而改變水的物理化學性質，降低水的表面張力，增大成垢物質在水中的溶解度，達到溶垢除垢目的。
3、晶體轉換機理
碳酸鈣晶體主要有三種晶型：方解石、文石和霰石。方解石型碳酸鈣具有菱形的立方體晶體結構；文石型碳酸鈣具有長度和直徑相對較大的斜方體晶體結構，通常呈針狀或柱狀；而霰石碳酸鈣大多具有六方體結構，通常呈球形。方解石型碳酸鈣在換熱面沉積通常會形成致密的硬垢，不易去除；而文石和球霰石通常形成易清除軟垢，危害性較小。
低頻電磁波的存在改變了水中碳酸鈣分子的Zeta電位，增加碳酸鈣分子碰撞機率，使其提前碰撞形成大分子沉降，以文石和霰石的形式存在，即電磁處理通過改變碳酸鈣的晶型來達到阻垢的目的。
4、防腐機理
對鐵磁性金屬，電磁波作用下會產生磁場梯度力，該力作用在順磁性金屬上可使順磁性的腐蝕產物更好地吸附在金屬表面，形成一層較為致密的保護膜，有效抑制金屬腐蝕。對于已經發生腐蝕的金屬，在磁場作用下，點蝕坑內會形成磁場梯度力，而磁通密度位于點蝕坑的邊緣。該磁場梯度力作用于順磁性材料，可吸引具有順磁性的侵蝕性離子轉移到點蝕坑的外部，以減緩點蝕的發生。
5、殺菌滅藻機理
水藻、細菌等均須依附在某一物體上才能開始捕食、繁殖。低頻電磁波裝置能夠避免換熱器管壁形成水垢等生物附著區，使水藻、細菌分散在循環冷卻水中，從而不能形成大量的生物膜，促使生物膜逐漸消亡。同時電磁波的作用下，會使菌藻等微生物DNA斷裂，新陳代謝受到抑制，從而起到殺菌滅藻的作用。
