水質監測項目依據水體功能和污染源的類型不同而已、數量繁多，但受人力、物力、經費等條件的限制，不可能也沒必要一一監測，而應根據實際情況，選擇環境標準中要求控制的危害大、范圍廣、并已建立可靠分析測定方法的項目。我國環境監測總站提出了68種水環境優先監測污染物黑名單。
一、地表水監測項目
河流
必測項目：水溫、pH、溶解氧、高錳酸鹽指數、五日生化需氧量、氨氮、總氮、總磷、銅、鋅、氟化物、硒、砷、汞、鎘、鉻（六價）、鉛、揮發酚、石油類、陰離子表面活性劑、硫化物和糞大腸菌群
選測項目：總有機碳、甲基汞等
集中式飲用水源地
必測項目：水溫、pH、溶解氧、懸浮物、*指數、COD、BOD5、氨氮、總氮、總磷、銅、鋅、氟化物、鐵、錳、硒、砷、汞、鎘、鉻（六價）、鉛、、揮發酚、石油類、陰離子表面活性劑、硫化物、鹽、氯化物、硝酸鹽和糞大腸菌群
選測項目：甲烷、*、三溴甲烷、氯乙烯、三氯乙烯、四氯乙烯、苯乙烯、甲醛、乙醛、苯、甲苯、乙苯、二甲苯、DDT、林丹、黃磷、鉬、鈷、鈹、硼等
湖泊、水庫
必測項目：水溫、pH、溶解氧、高錳酸鹽指數、五日生化需氧量、氨氮、總氮、總磷、銅、鋅、氟化物、硒、砷、汞、鎘、鉻（六價）、鉛、揮發酚、石油類、陰離子表面活性劑、硫化物和糞大腸菌群
選測項目：總有機碳、甲基汞、硝酸鹽等
二、工業廢水監測項目
黑色金屬礦山
必測項目：懸浮物、pH、重金屬
選測項目：硫化物
黑色冶金
必測項目：懸浮物、COD、揮發酚、重金屬
選測項目：石油類、硫化物、氟化物
選礦藥劑
必測項目：懸浮物、COD、硫化物、重金屬
選測項目：黃藥
有色金屬礦山及冶煉
必測項目：懸浮物、COD、pH、
重金屬
選測項目：硫化物、鈹
火力發電
必測項目：懸浮物、pH
選測項目：石油類、硫化物
煤礦
必測項目：懸浮物、pH、硫化物
選測項目：砷、石油類
焦化
必測項目：COD、揮發酚、氰、石油類、懸浮物
選測項目：B(a)P、氨氮
石油開采
必測項目：石油類、COD、懸浮物、硫化物
選測項目：揮發酚、總鉻
石油煉制
必測項目：石油類、COD、懸浮物、硫化物、揮發酚
選測項目：B(a)P、苯系物
化學礦開采（硫鐵礦）
必測項目：pH、硫化物、懸浮物、重金屬、砷
選測項目：硫化物、砷
化學礦開采（磷礦）
必測項目：磷酸鹽、pH、氟化物、懸浮物
選測項目：硫化物、砷
化學礦開采（汞礦）
必測項目：汞、pH、懸浮物
選測項目：硫化物、砷
無機原料（
必測項目：pH、硫化物、懸浮物、重金屬
選測項目：砷、氟化物、汞
無機原料（氯堿）
必測項目：pH、COD、懸浮物
選測項目：砷、氟化物、汞
無機原料（鉻鹽）
必測項目：pH、六價鉻、總鉻、懸浮物
選測項目：砷、氟化物、汞
有機原料
必測項目：COD、揮發酚、氰懸浮物
選測項目：苯系物、硝基苯類、有機氯類等
塑料
必測項目：COD、硫化物、石油類、懸浮物
選測項目：B(a)P、苯系物、氟化物、氰
化纖
必測項目：COD、pH、懸浮物、石油類、色度
橡膠
必測項目：COD、硫化物、石油類、六價鉻
選測項目：B(a)P、苯系物、重金屬
制藥
必測項目：COD、石油類、懸浮物、揮發酚
選測項目：苯胺類、硝基苯類
染料
必測項目：COD、揮發酚、懸浮物、苯胺類、色度
選測項目：硝基苯類、硫化物、TOC
顏料
必測項目：COD、硫化物、懸浮物、汞、六價鉻
選測項目：色度、重金屬
合成洗滌劑
必測項目：COD、陰離子合成洗滌劑、石
油類
選測項目：苯系物、動植物油、磷酸鹽
化肥（磷肥）
必測項目：COD、磷酸鹽、pH、懸浮物、
氟化物
選測項目：磷、砷
化肥（氮肥）
必測項目：COD、氨氮、揮發酚、懸浮物
選測項目：砷、銅、氰
農藥（有機磷）
必測項目：COD、揮發酚、硫化物、懸浮物
選測項目：有機磷、磷
農藥（有機氯）
必測項目：COD、揮發酚、硫化物、懸浮物
選測項目：有機氯
電鍍
必測項目：pH、重金屬、氰
機械制造
必測項目：COD、石油類、懸浮物、重金屬
選測項目：氰
電子儀器、儀表
必測項目：pH、COD、揮發酚、重金屬
選測項目：氟化物
造紙
必測項目：COD、pH、懸浮物、懸浮物
選測項目：色度、硫化物
紡織、印染
必測項目：COD、pH、懸浮物、色度
選測項目：硫化物、六價鉻
皮革
必測項目：COD、pH、懸浮物、硫化物、
總鉻
選測項目：動植物油、六價鉻
水泥
必測項目：pH、懸浮物
食品
必測項目：COD、pH、懸浮物
選測項目：氨氮、硝酸鹽氮、動植物油、BOD5
火工
必測項目：COD、硝基苯類、硫化物、重金屬
電池
必測項目：pH、重金屬、懸浮物
絕緣材料
必測項目：pH、COD、揮發酚、懸浮物
選測項目：甲醛
生活污水生活污水
必測項目：pH、COD、BOD5、懸浮物、油類、揮發酚、氨氮、總氮、總磷、重金屬
選測項目：氯化物
醫院廢水
必測項目：pH、COD、BOD5、懸浮物、油類、揮發酚、氨氮、總氮、總磷、汞、糞大腸菌群、細菌總數
選測項目：氟化物、氯化物、醛類、總有機碳
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